Les théories s'opposent mais aboutissent à deux hypothèses :

- Ou bien les Khmers seraient un peuple étranger, venus en conquérant et ayant assimilé les populations originelles

- Ou bien ils seraient des autochtones, légèrement métissés par des éléments extérieurs, négritos, indiens, etc.., seule solution que l'on puisse retenir du point de vue de l'étude anthropologique.

Origines de type légendaires :

1- Migration des peuples de l'est de l'Inde (on précise même qu'ils seraient venus de la côte du Coromandel, chassé par les Dravidiens, eux mêmes repoussés par les Ariens).
Motif invoqué : analogies linguistiques (En Inde, les Mundas utilisent un langage qui présente des analogies avec le Mon-Khmer).

2- pour Aymonnier, Mundas et Mon-Khmer proviendraient tous deux d'une seule et même branche de négritoïdes (hommes petits, noirs, tête arrondie, nez large et cheveux crépus) des contreforts méridionaux du Tibet.

3- pour MORIZON, les premiers habitants auraient été des peuplades proto-indochinoises relativement blanches qui auraient été métissées par la migration négritoïde d'Aymonnier. Ensuite une invasion d'Indo-Malais aurait soumis les habitants de la cuvette centrale et donné naissance aux Khmers actuels, les peuplades primitives s'étant retirées dans les montagnes.

4- Une autre tradition soutient que le pays des Khmers s'est constitué par un premier apport indien. Elle précise que c'est en 430 avant notre ère que les premiers Khmers ou Kambujas seraient venus de l'Inde et que ce seraient des Tamouls.